En 1965, dentro de la nueva estructura institucional del Gobierno, el INDRHI quedó adscrito a la SEA, pero con carácter autónomo e independiente.
El INDRHI es la máxima autoridad nacional, en relación al control de aprovechamiento y construcción de obras fluviales e hidráulicas; riego por infiltración, por canales, subterráneo y riego por aspersión; de presas y de centrales hidroeléctricas En 1965, como resultado de un creciente reconocimiento de la importancia que tiene el aprovechamiento y manejo de los recursos hídricos, mediante la Ley
Nº 701, promulgada el 8 de abril de 1965, se creó la Secretaría de Estado de Recursos Hidráulicos , que implicó la fusión de la Dirección General de Riego de la Secretaría de Estado de Agricultura, la Comisión Nacional de Irrigación, fuerza y control de ríos (CONAIF), el Instituto Nacional de Aguas Potables (INAPA) y el Servicio Nacional de Acueductos Rurales. Dicha Secretaría fue suprimida poco después, el 8 de abril de 1965, cuando se derogó la Ley Nº 701, recuperando INAPA su estatus anterior y el 8 de septiembre se promulgó la Ley Nº 6 de 1965, la que creó el INDRHI. Así nació el INDRHI, como máxima autoridad nacional sobre las aguas superficiales y subterráneas del país, con prerrogativas de controlar y regular el uso de las aguas (artículo 4 de Ley Nº 6 -1965). El 15 de octubre de 1969 mediante la Ley No. 487, también se le confiere al INDRHI el control de la explotación de las aguas subterráneas, y se consolidó como la máxima autoridad nacional sobre las aguas del país. En el año 2000, se promulgó la Ley Nº 64 sobre Medio Ambiente y Recursos Naturales, que creó la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARN); en dicha Ley se estableció que el INDRHI estará adscrito a la nueva Secretaría de Estado; además modificó la Ley Nº 6 de creación del INDRHI, así como la Ley 487 - 1969, en lo relacionado con el control de la explotación y conservación de las aguas subterráneas, debido a que en el mencionado cuerpo legal se estableció que las funciones y atribuciones de la entidad, relacionadas con las aguas subterráneas, pasaban a la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales (en la actualidad Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales).
